antes del descubrimiento de Caronte, era popular asumir que Plutón era una antigua luna de Neptuno que de alguna manera había escapado de su órbita. Esta idea obtuvo apoyo de la aparente similitud de las dimensiones de Plutón y Tritón y la casi coincidencia en el período orbital de Tritón (5,9 días) y el período de rotación de Plutón (6,4 días)., Se sugirió que un encuentro cercano entre estos dos cuerpos cuando ambos eran lunas llevó a la expulsión de Plutón del sistema neptuniano y causó que Tritón asumiera la órbita retrógrada que se observa actualmente.

Los astrónomos encontraron difícil establecer la probabilidad de que todos estos eventos hubieran ocurrido, y el descubrimiento de Caronte proporcionó información que refutó aún más la teoría. Debido a que la masa revisada de Plutón es solo la mitad de la de Tritón, Plutón claramente no podría haber causado la reversión de la órbita de Tritón., Además, el hecho de que Plutón tenga una luna proporcionalmente grande hace inverosímil la idea del escape. El pensamiento actual favorece la idea de que Plutón y Caronte se formaron como dos cuerpos independientes en la nebulosa solar, la nube gaseosa de la que se condensó el sistema solar (véase sistema solar: origen del sistema solar). Una colisión entre Plutón y un proto-Caronte podría haber producido un anillo de desechos alrededor de Plutón que se acumuló por atracción gravitacional para formar la luna actual., Este escenario es similar al modelo actualmente favorecido para la formación de la Luna como resultado de la colisión de un cuerpo del tamaño de Marte con la Tierra (ver Luna: origen y evolución). Así como la Luna parece ser deficiente en elementos volátiles en relación con la Tierra como consecuencia de su origen de alta temperatura, también puede explicarse la ausencia de metano en Caronte, junto con las densidades relativamente altas de Plutón y Caronte, por un proceso similar.

Los astrónomos han argumentado que las cuatro lunas pequeñas de Plutón también son productos de la misma colisión que resultó en el actual Caronte., El escenario alternativo-que se formaron independientemente en otra parte del Sistema solar exterior y fueron capturados gravitacionalmente por el sistema Plutón—Caronte-no parece probable dada la combinación de órbitas coplanares circulares y múltiples resonancias dinámicas que actualmente existen para los dos cuerpos pequeños y Caronte. Más bien, estas Condiciones sugieren que el material en el anillo de escombros que fue expulsado de la colisión se acumuló en las tres lunas—y posiblemente en otras aún por encontrar.

este escenario de colisión implica que en el momento en que se formó el sistema Plutón-Caronte, alrededor de 4.,Hace 6 mil millones de años, la nebulosa solar exterior contenía muchos cuerpos helados con las mismas dimensiones aproximadas que estos dos. Se cree que los cuerpos mismos fueron construidos a partir de entidades más pequeñas que hoy serían reconocidas como los núcleos de cometas. Tritón es presumiblemente otro de estos grandes planetesimales helados, capturados en órbita por Neptuno en la historia temprana del planeta. Quirón, un pequeño cuerpo que orbita el sol entre Saturno y Urano y se cree que es un núcleo de cometa gigante, y Febe, una luna de Saturno, representan ejemplos algo más pequeños de tales objetos.,

La mayoría de estos planetesimales helados fueron incorporados en los núcleos de los planetas gigantes durante su formación. Muchos otros, sin embargo, se cree que han permanecido como los escombros no consolidados que componen el cinturón de Kuiper—una región gruesa en forma de disco, aplanada hacia el plano del sistema solar, que se encuentra más allá de la órbita de Neptuno y, significativamente, incluye la parte exterior de la órbita de Plutón., Durante la formación de Urano y Neptuno se dispersaron miles de millones de objetos helados más a los confines del sistema solar; se cree que forman la nube de Oort, una enorme concha esférica que rodea el sistema solar a una distancia de unas 50.000 UA. Después de que más de mil objetos del cinturón de Kuiper (KBOs) fueron observados directamente a principios de la década de 1990, los astrónomos llegaron a la conclusión de que Plutón y Caronte probablemente son miembros grandes del cinturón de Kuiper y que cuerpos como Quirón, la luna de Neptuno Tritón, y un número de otras lunas heladas de los planetas exteriores se originaron como KBOs., De hecho, al igual que Plutón, hay un grupo de KBO que tienen órbitas altamente excéntricas inclinadas al plano del sistema solar y exhiben la misma resonancia orbital estabilizadora 3:2 con Neptuno. En reconocimiento de esta afinidad, los astrónomos llamaron a este grupo de objetos Plutinos («pequeños plutones»).