o Hunley destinou-se a atacar os navios do norte, nomeadamente os que estavam a travar os portos do Sul.,

O submersível tinha uma longa vara com uma carga explosiva amarrada na proa, a isso se conhecia comumente como torpedo de vara ou de botalón. Neste tipo de submersíveis, para fazer o ataque, o submarino tinha que se aproximar do navio alvo, colocar o explosivo, afastar-se e então detoná-lo para afundar o navio inimigo. Esses tipos de ataques eram muito difíceis de manusear e os submarinos não tinham mais suprimento de ar do que o conteúdo no compartimento principal, dificultando a possibilidade de fazer manobras extras.,

em 18 de fevereiro de 1864, o Hunley afundou o USS Housatonic na baía de Charleston, desta forma, o USS Housatonic tornou-se o primeiro navio a ser afundado pelo ataque de um submarino. Embora nem tudo fossem celebrações para os confederados, já que no mesmo combate o próprio Hunley desapareceu depois de comunicar a baixa do USS Housatonic.,

o destino do submergível foi um mistério até que seu naufrágio foi encontrado em 1995, a 300 metros do local do afundamento do Housatonic, e refletido em 2000; no interior estavam os restos de seus tripulantes, entre os quais estava seu construtor. Em 2017, um estudo disse que o Hunley teve suaficonte oxigênio para 2 horas, o ataque ao USS Housatonic foi bem sucedido, mas depois a tripulação ficou São oxigênio suficiente para voltar para a costa .,

outro submersível confederado foi afundado em sua viagem inaugural no Lago Pontchartrain; foi encontrado em terra nos anos 1870 e atualmente está em exibição no Museu Estadual da Louisiana.

Em geral, os submersíveis não tiveram um grande impacto no desfecho da guerra, mas anunciaram sua futura importância na guerra naval, aumentando o interesse por eles, e o Hunley foi um desses pioneiros.