dos grandes problemas enfrentaron los ingenieros en su enfoque de la primera etapa. En primer lugar, la geología de Bennelong Point no se había estudiado con precisión en el momento de las directrices de la competencia. Se había supuesto que el promontorio comprendía la masa de arenisca de Hawkesbury, como la tierra circundante; mientras que, de hecho, estaba hecho de depósitos aluviales sueltos impregnados de agua de mar y completamente inadecuados para soportar el peso de la estructura prevista.,

unos 700 pozos de hormigón con caja de acero, de casi 1 metro de diámetro cada uno, fueron perforados en el perímetro y la mitad norte del sitio. Los cimientos de hormigón en masa llenaron la roca inestable en el área central del sitio. Esta labor preparatoria no se había presupuestado, por lo que el edificio se basaba en una serie de sobrecostos prolongados que superaban el costo estimado de 3,5 millones de Libras esterlinas.

el segundo gran problema estaba relacionado con el peso aún desconocido del techo, que cambiaría drásticamente en los próximos años., Los puntos de anclaje del techo eran en esta etapa solo vagamente discernibles; la carga que tendrían que soportar era desconocida.

un plan más prudente habría sido resolver los problemas de diseño antes de comenzar la construcción. Pero el Primer Ministro Cahill tenía prisa, temeroso de que el proyecto se viera obstaculizado por la burocracia o la oposición política. Solo había ganado por poco la reelección en marzo de 1959 y tenía 68 años cuando comenzó la construcción. Solo siete meses después Cahill cayó enfermo en una reunión en el Parlamento y falleció al día siguiente., Desde su lecho de muerte le pidió a Norman Ryan, un ex ingeniero eléctrico que entonces era Ministro de Obras Públicas, que no permitiera que el proyecto de la ópera fracasara. Al seguir adelante, incluso antes de que se establecieran elementos críticos de diseño, Cahill dio al proyecto un impulso que resultó irreversible.