el 2 de diciembre de 1998, Ferentz fue contratado como el 26º entrenador de fútbol de Iowa para reemplazar al retirado Hayden Fry. El equipo luchó durante las dos primeras temporadas de Ferentz con un récord combinado de 4-19, pero los Hawkeyes ganaron su primera oferta de tazón de la era Ferentz después de una temporada de 7-5 en 2001. Vencieron a Texas Tech en el Alamo Bowl, 19-16.
la temporada 2002 sería memorable para Ferentz y los Hawkeyes. El equipo terminó la temporada regular con un récord de 11-1; su única derrota llegó a Iowa State., Compartieron el Campeonato de la Conferencia Big Ten Con Ohio State, ya que ambos equipos terminaron 8-0 en el juego de la conferencia. El mariscal de campo Brad Banks ganó el Premio Davey O’Brien al mejor mariscal de campo y terminó segundo en la votación del Trofeo Heisman ante Carson Palmer de la USC. Tight end Dallas Clark fue el ganador del Premio John Mackey de esa temporada, y placekicker Nate Kaeding fue el ganador del Premio Lou Groza. Ferentz fue nombrado entrenador del año por la Associated Press por sus esfuerzos. Iowa recibió su primera invitación de BCS, perdiendo ante USC en el Orange Bowl 2003, 38-17.,
a pesar de perder varios seniors a la graduación, los Hawkeyes compilaron un récord de temporada regular de 9-3 en 2003. Derrotaron a Florida 37-17 en el Outback Bowl el 1 de enero de 2004, para su primera victoria en enero desde 1959. Esto le valió a los Hawkeyes un # 8 en el ranking nacional tanto en la encuesta de AP como en la Encuesta de entrenadores al final de la temporada. El tackle ofensivo Robert Gallery fue el ganador del Outland Trophy de esa temporada; después de la temporada, los Oakland Raiders lo eligieron con la segunda selección general en el Draft de la NFL de 2004.,
Ferentz tuvo que lidiar con múltiples lesiones en los corredores de los Hawkeyes y la muerte de su padre, John, durante la temporada 2004. Sin embargo, los Hawkeyes compilaron un récord de temporada regular de 9-2, compartiendo el Campeonato de la Conferencia Big Ten Con Michigan después de una victoria de 30-7 sobre Wisconsin el 20 de noviembre. Por segunda vez en tres temporadas, Ferentz fue nombrado entrenador de la Conferencia Big Ten del año. El 1 de enero de 2005, derrotaron a LSU, 30-25, después de un emocionante pase de touchdown de 56 yardas de Drew Tate a Warren Holloway cuando el tiempo expiró en el Capital One Bowl., Esto le dio a Ferentz su tercera temporada consecutiva de diez victorias con los Hawkeyes y otro ranking nacional #8.
Los Hawkeyes fueron 7-4 durante la temporada regular de 2005. Después de derrotas a principios de temporada ante Iowa State y Ohio State y pérdidas cercanas a Michigan y Northwestern, terminaron la temporada con victorias sobre Wisconsin y Minnesota para ganar un segundo viaje al Outback Bowl para enfrentar a Florida el 2 de enero de 2006. Esta vez, sin embargo, los Gators obtuvieron una medida de venganza por su derrota dos años antes, ya que los Hawkeyes perdieron ante Florida, 31-24., Mucho se dijo sobre el oficiante en este juego, ya que hubo 13 llamadas perdidas o malas hechas contra los Hawkeyes que influyeron directamente en el resultado. La NCAA hizo un reconocimiento oficial de este tema.
Iowa comenzó la temporada 2006 fuerte, ganando sus primeros cuatro juegos antes de perder ante el estado de Ohio. Después de un inicio de 5-1, sin embargo, los Hawkeyes colapsaron en la recta final, perdiendo cinco de sus últimos seis juegos. Iowa sufrió pérdidas impactantes ante Northwestern e Indiana y perdió partidos de rivalidad con Wisconsin y Minnesota., Los Hawkeyes terminaron la temporada regular con un récord de 6-6 y aceptaron una invitación al Alamo Bowl 2006, el sexto juego consecutivo de bowl de Iowa. Jugando como underdogs de nueve puntos a los campeones nacionales defensores de Texas, Iowa perdió el Alamo Bowl por un marcador de 26-24.
en 2007, los Hawkeyes de Ferentz comenzaron 2-4 y perdieron sus primeros tres juegos de conferencia. Una victoria sobre Illinois terminó con una racha de nueve partidos perdedores de la conferencia para Iowa, y los Hawkeyes cerraron la Temporada Big Ten al ganar sus últimos tres juegos de la conferencia., Sin embargo, una derrota decepcionante en el final de temporada ante el oeste de Michigan redujo el récord de temporada de los Hawkeyes a 6-6. Aunque Iowa fue elegible para el bowl, los Hawkeyes no recibieron una oferta para el bowl, rompiendo la racha de Iowa de seis apariciones consecutivas en el bowl.
en 2008, Ferentz y los Hawkeyes comenzaron fuertes con victorias sobre su antiguo equipo, Maine, Florida International y su rival Iowa State, pero las pérdidas cercanas a Pitt, Northwestern y Michigan State dejaron Iowa con un récord de 3-3. Iowa luego pasó a ganar cinco de sus próximos seis juegos, incluyendo una sorpresa 24-23 del # 3 Clasificado e invicto Penn State., Después de terminar la temporada regular en 8-4, Iowa aceptó una invitación al Outback Bowl donde derrotaron a los South Carolina Gamecocks, 31-10.
Ferentz y el entrenador del Estado de Ohio Jim Tressel hablan en el campo antes de que sus equipos jugaran el 14 de noviembre de 2009.
El equipo de fútbol americano Hawkeye 2009 tuvo el mejor comienzo en la historia de la escuela hasta ese momento. Estrechas victorias en casa sobre el norte de Iowa y Arkansas State, junto con victorias de doble dígito sobre Penn State y Wisconsin, impulsaron un inicio de 7-0., Ferentz ‘ 2009 Hawks se convirtió en el primer equipo de Iowa en ganar ocho juegos para comenzar una temporada al ganar en Michigan State, 15-13, con un pase de touchdown en la jugada final del juego. Después de derrotar a Indiana para correr su récord de 9-0, los Hawks perdieron al mariscal de campo Ricky Stanzi por lesión en una derrota ante Northwestern. Iowa luego perdió el juego de facto del Campeonato Big Ten en Ohio State, 27-24, en tiempo extra. Los Hawkeyes eliminaron a Minnesota, 12-0, para terminar la temporada regular con un récord de 10-2 y fueron seleccionados para su segundo juego del BCS bowl bajo Ferentz al ser invitados al Orange Bowl 2010., Iowa derrotó a Georgia Tech, 24-14, para ganar la primera victoria de la escuela en el BCS bowl y su primera victoria en un BCS-level bowl desde el Rose Bowl de 1959. Iowa terminó con un récord de 11-2 que empató el récord escolar de victorias en una temporada y los Hawkeyes ganaron el puesto #7 en la encuesta de AP y la Encuesta de Entrenadores, su mayor resultado desde la temporada 1960.
Después de tres temporadas mediocres en las que Iowa fue solo un combinado 19-19 y una humillante derrota en el Taxslayer Bowl, la temporada 2015 demostró ser una de las mejores en la historia de la Universidad. El programa se había estancado y era predecible., Ferentz implementó nuevas llamadas y técnicas de juego espontáneas que fueron apodadas «New Kirk» por los fans y los medios de comunicación por igual. Iowa fue invicto en la temporada regular y registró 12 victorias, la mayor cantidad en la historia de la escuela. Además, un equipo que fue 0-4 en los juegos de trofeos el año anterior, fue 4-0 y ganó El Campeonato Big Ten Conference West, el PRIMERO en la historia de la escuela. Ferentz también fue nombrado entrenador de los Big Ten del año por cuarta vez en Iowa. Los Hawkeyes cayeron 16-13 en el juego del Campeonato de fútbol Big Ten de 2015 contra Michigan State., A pesar de la derrota, los Hawkeyes aceptaron una invitación al Rose Bowl 2016, el tercer Rose Bowl de Ferentz con Iowa, primero como entrenador en jefe, y marca el primer viaje a Pasadena para los Hawkeyes en 25 años. En el Rose Bowl, Los Hawkeyes fueron estrangulados, 45-16, por un equipo liderado por Christian McCaffrey Stanford. Con su última derrota en el Rose Bowl, Los Hawkeyes cayeron a 0-4, con un marcador combinado de 164-78, desde su última victoria en 1959.
en 2016, Iowa sufrió numerosas lesiones que los descarrilaron en la primera parte de la temporada., Sin embargo, terminaron venciendo fuerte #3 Michigan, y prevalecieron sobre #16 Nebraska, terminando con un récord de 8-4. La línea ofensiva de Iowa fue galardonada con el Premio Joe Moore. Este premio fue especialmente significativo porque Moore fue un mentor de toda la vida para Ferentz, y el equipo tuvo que superar mucho para ganarlo. Iowa fue seleccionado para jugar en el Outback Bowl por quinta vez bajo Ferentz, donde perdieron ante los Florida Gators 30-3. Después de la derrota ante los Gators, los Hawkeyes cayeron A 0-5 en sus últimos cinco juegos de tazón, obteniendo una puntuación superior a 172-75 en esos concursos.,
la temporada 2017 fue casi una copia al carbón de la temporada anterior. Iowa tuvo un gran comienzo, pero nuevamente estuvo plagado de varias lesiones. El equipo se fue invicto en la no-conferencia de jugar y todo pero dos de sus Diez Grandes pérdidas fueron por un solo resultado (38-14 vs Wisconsin, 24-15 vs Purdue). Al igual que la temporada anterior, Iowa fue 3-1 en juegos de trofeos, y terminó con ocho victorias. También fueron capaces de vencer al # 3 de Ohio State por primera vez desde 2004. Iowa jugó en el Pinstripe Bowl, el tazón 15 bajo Ferentz., Después de perder temprano, los Hawkeyes dominaron la segunda mitad y ganaron su primer juego de tazón desde 2010. La victoria empató a Hayden Fry en victorias en la carrera de Iowa (143), y superó su número de victorias en el bowl en la Universidad.
la temporada 2018 será recordada por las cercanas pérdidas de la Conferencia Big Ten que le costaron a los Hawkeyes otro viaje a Indianápolis. Iowa comenzó fuerte, ganando sus tres juegos no de conferencia, y una vez más fue capaz de mantener tres de los cuatro trofeos de rivalidad en Iowa City. Sin embargo, las pérdidas a Penn State, Purdue y Northwestern en semanas consecutivas definieron la temporada., Iowa jugó en el Outback Bowl por sexta vez, aferrándose a derrotar a Mississippi State 27-22 para la quinta victoria en el bowl de enero de Ferentz y la octava victoria general en el bowl.
2019 fue en general un gran año para Iowa. Los Hawkeyes comenzaron 4-0, y fueron invictos contra oponentes que no eran de la conferencia. Después de derrotas consecutivas contra las potencias de los Big Ten, Michigan y Penn State, parecía que podría ser una temporada perdida para el equipo. Iowa se recuperó, ganando cinco de sus últimos seis juegos, pero otra derrota ante el archirrival Wisconsin significó que un título de la Big Ten West division eludió el programa., Los Hawkeyes jugaron en el Holiday Bowl contra USC. En el primer partido entre los Trojans y Hawkeyes desde el Orange Bowl Iowa 2003 superó a USC en una tanda de 49-24. La victoria le dio al programa diez victorias por sexta vez bajo Ferentz. El equipo también fue capaz de lograr una distinción que no se había hecho desde 1991, ambos comenzaron y terminaron la temporada en el top 25 del ranking nacional sin abandonar.
la temporada 2020 de COVID-19 en cortocircuito fue en su mayoría positiva para Iowa., Después de una temporada baja de agitación dentro del programa que fueron capaces de ganar seis juegos, y se fue 3-0 en concursos de trofeos, derrotando a Wisconsin por primera vez desde 2015. Sin embargo, una pérdida de un punto en la segunda semana ante Northwestern fue la única razón por la que el equipo se mantuvo fuera del Campeonato Big Ten contra Ohio State. Los Hawkeyes estaban programados para tocar en el Music City Bowl, que habría sido la primera vez que Iowa había jugado Missouri desde 10 años antes en el Insight Bowl de 2010. Sin embargo, el juego fue cancelado tres días antes del match-up por problemas de virus.,
a partir de noviembre de 2020, Ferentz es 16-6 contra su rival Big Ten Minnesota y 12-9 contra su rival en el estado de Iowa State, aunque su predecesor fue 16-4 contra su rival en el estado. Ferentz anotó su victoria número 100 en su carrera en Iowa con una victoria de doble tiempo extra sobre los Spartans de Michigan State en East Lansing el 13 de octubre de 2012. Se convirtió en el líder de victorias de todos los tiempos en la historia de la escuela, (144) con una victoria sobre el norte de Illinois el 1 de septiembre de 2018, y ha llevado a Iowa a 17 juegos de bolos, más bolos que cualquier otro entrenador de Iowa., Más tarde esa temporada Ferentz registró su victoria número 150 en Iowa con un triunfo sobre Big Ten Foe Illinois el 17 de noviembre de 2018. Cuando Joe Paterno fue despedido de Penn State en 2011, Ferentz se convirtió en el decano de los Big Ten football coaches, como el entrenador titular más largo en el deporte respectivo. Con el retiro del entrenador de Virginia Tech Frank Beamer después de la temporada 2015, Ferentz se empató con Bob Stoops para el entrenador titular más largo en el nivel FBS. En junio de 2017, Ferentz se convirtió en el entrenador titular más largo con el repentino retiro de Bob Stoops.,
el 6 de junio de 2020, Ferentz colocó al entrenador de strength Chris Doyle en licencia administrativa pagada después de que varios ex jugadores identificaran a Doyle y Brian Ferentz como contribuyentes a una cultura del programa que era hostil hacia los estudiantes-atletas negros. El 15 de junio, Doyle fue liberado del programa después de una temporada de 21 años.
el 27 de julio de 2020, ESPN publicó un artículo citando casos de desigualdades raciales impuestas contra jugadores negros a lo largo de la permanencia de Ferentz como entrenador en jefe., Un ex jugador, Dace Richardson, fue citado diciendo: «He hablado con chicos y hablaron de cómo se hicieron para ajustarse a lo que el entrenador Ferentz quería o lo que esperaban que fueran los jugadores blancos, teníamos un montón de chicos en nuestro equipo que tenían personalidades y no se les permitió ser su ser natural. Nunca tuve problemas con eso porque me conformé con lo que el equipo quería.»