Hunley fu distribuito con l’obiettivo di targeting nord navi, in particolare quelli di blocco ai porti del sud.,

il sommergibile aveva un lungo palo con una carica esplosiva attaccata alla prua, questo era comunemente noto come siluro a palo o siluro botalon. In questo tipo di sommergibile, per effettuare l’attacco, il sottomarino doveva avvicinarsi alla nave bersaglio, posizionare l’esplosivo, allontanarsi e poi farlo esplodere per affondare la nave nemica. Tali attacchi erano molto difficili da gestire e i sottomarini non avevano più aria del contenuto nel compartimento principale, rendendo difficile effettuare manovre extra.,

il 18 febbraio 1864, la Hunley affondò la USS Housatonic nella baia di Charleston, così la USS Housatonic divenne la prima nave ad essere affondata da un attacco sottomarino. Anche se non tutti erano celebrazioni per i Confederati, poiché nella stessa lotta Hunley stesso scomparve dopo aver riportato la perdita della USS Housatonic.,

il destino del sommergibile era un mistero fino a quando il suo relitto fu trovato nel 1995, a 300 metri dal luogo dell’affondamento della Housatonic, e rifluito nel 2000; all’interno c’erano i resti del suo equipaggio, tra cui il suo costruttore. Nel 2017, uno studio ha detto che il Hunley aveva abbastanza ossigeno per 2 ore, l’attacco alla USS Housatonic ha avuto successo, ma dopo che l’equipaggio è rimasto sono abbastanza ossigeno per tornare a riva .,

un altro sommergibile confederato fu affondato durante il suo viaggio inaugurale nel lago Pontchartrain; fu trovato a terra nel 1870 ed è attualmente esposto al Louisiana State Museum.

in generale i sommergibili non ebbero un grande impatto sull’esito della guerra, ma annunciarono la loro futura importanza nella guerra navale, aumentando l’interesse per loro, e l’Hunley fu uno di quei pionieri.