Due grandi problemi hanno affrontato gli ingegneri nel loro approccio alla fase Uno. In primo luogo, la geologia di Bennelong Point non era stata esaminata con precisione al momento delle linee guida della concorrenza. Si era ipotizzato che il promontorio comprendeva massa arenaria Hawkesbury, come il terreno circostante; mentre in realtà, era fatto di depositi alluvionali sciolti permeati di acqua di mare e del tutto inadatto a sopportare il peso della struttura prevista.,

Nel perimetro e nella metà settentrionale del sito sono stati trivellati circa 700 pozzi in calcestruzzo con rivestimento in acciaio, di quasi 1 metro ciascuno di diametro. Mass fondazioni in calcestruzzo riempito nella roccia instabile nella zona centrale del sito. Questo lavoro preparatorio non era stato preventivato, impostando l’edificio su un corso di sforamenti estesi oltre il suo costo stimato di 3,5 milioni di sterline.

Il secondo grande problema riguardava il peso ancora sconosciuto del tetto, che cambierebbe drasticamente nei prossimi anni., I punti di ancoraggio del tetto erano in questa fase solo vagamente distinguibili; il carico che avrebbero dovuto sopportare era sconosciuto.

Un piano più prudente sarebbe stato quello di risolvere i problemi di progettazione prima di iniziare la costruzione. Ma il premier Cahill aveva fretta, temendo che il progetto sarebbe stato ostacolato dalla burocrazia o dall’opposizione politica. Aveva vinto solo per poco la rielezione nel marzo 1959 e aveva 68 anni quando iniziò la costruzione. Appena sette mesi dopo Cahill si ammalò in una riunione del Parlamento e morì il giorno successivo., Dal suo letto di morte chiese a Norman Ryan, un ex ingegnere elettrico che era allora il ministro dei Lavori pubblici, di non permettere che il progetto del teatro dell’opera fallisse. Spingendo avanti, anche prima che gli elementi di progettazione critici fossero stati risolti, Cahill ha dato al progetto uno slancio che si è rivelato irreversibile.