persoana care a lansat „extremist” mișcarea Reformei Catolice a fost Papa Paul III (r. 1534 – 1549). Aproape de la începutul domniei sale, Pavel a fost în ofensivă: el a comandat un raport în 1536 pentru a evalua posibilitatea și necesitatea reformei, care a concluzionat că au existat numeroase abuzuri în cadrul Bisericii care trebuiau corectate (de ex., lipsa de educație a clerului, practica de a câștiga venituri din parohii pe care episcopii nu le-au vizitat niciodată etc.), dar nu a existat nici o înclinare asupra doctrinei. Cu alte cuvinte, credințele și practicile esențiale ale Bisericii au fost considerate a fi în întregime corecte, iar Luther (și în curând, Calvin) a fost considerat a fi în întregime greșit.în 1542, Paul al III-lea a aprobat crearea unei ramuri permanente a Bisericii dedicate ținerii protestantismului sub control: sfânta slujbă, mai cunoscută sub numele de Inchiziție., Inchiziția a existat pentru a căuta semne de erezie, inclusiv Protestantism, în zonele aflate sub control catolic. Avea dreptul să supună oamenii la interogatoriu și tortură și, în cazuri extreme, să-i execute. (În)faimoasa ramură spaniolă a Inchiziției era sub controlul coroanei spaniole, dar metodele și obiectivele sale erau în esență aceleași. Inchizițiile au existat încă din Evul Mediu – prima a fost în 1184 și a vizat o mișcare eretică în sudul Franței – dar au fost întotdeauna răspunsuri pe termen scurt la Erezie., Sub Paul al III-lea, Inchiziția a devenit o parte permanentă a Bisericii.papii care l-au urmat pe Pavel al III-lea au fost similari în concentrarea lor pe re-accentuarea Ortodoxiei și crearea de instituții pentru combaterea ereziei. Paul al IV – lea (r. 1555-1559) a creat „indexul” cărților interzise (în 1549) care va continua să formeze baza cenzurii regale în toate țările catolice pentru următoarele două secole., El a impus, de asemenea, poziția Bisericii că Biblia nu trebuia tradusă în limbi vernaculare, ci trebuia să rămână în latină, o respingere explicită a practicii Protestante de a traduce Biblia în limba de zi cu zi pentru ca creștinii să citească și să se interpreteze. Conform credinței catolice, reiterată sub Pavel al IV-lea, Biblia a trebuit să rămână în latină, deoarece numai preoții instruiți aveau cunoștințele și Autoritatea de a o interpreta pentru laici. Oamenii laici, lăsați la voia lor, pur și simplu ar înțelege greșit mesajul Bibliei și ar pune în pericol sufletele lor în acest proces.,Paul al III – lea, Paul al IV-lea și Papa ulterior, Pius al IV-lea, au supravegheat cu toții o serie continuă de întâlniri, Conciliul de la Trent, care a avut loc periodic între 1545-1563. Acolo, oficialii bisericii au dezbătut toate articolele și acuzațiile care au fost îndreptate împotriva Bisericii, de la vânzarea indulgențelor, la importanța faptelor bune în mântuire, la necesitatea spirituală a sacramentelor., În timp ce inițial a fost organizat pentru a încerca să se împace, cel puțin în parte, cu Protestantismul, conservatorii din cadrul Bisericii câștigat în dezbaterile ulterioare și Consiliul și-a reafirmat aproape toate părțile controversate de doctrina bisericii și a contestat articolele de credință; excepție majoră a fost că cardinali și episcopi interzis vânzarea de indulgențe în viitor (Biserica încă le-a emis, dar nu mai erau, pur și simplu vândute pentru bani)., Acest lucru a fost dureros pentru Împăratul Carol al V-lea, care a sperat sincer că Biserica va da teren pe unele dintre problemele doctrinare și, prin urmare, câștiga înapoi protestanți în țările sale; el a încercat chiar să împiedice Papa Paul al IV-lea de la preluarea funcției, deoarece acesta din urmă a fost atât de intransigent.

în Timp ce Consiliul de la Trent nu s-a clintit de pe doctrină, ea a propus o schimbare monumentală a Bisericii: de acum înainte, preoții ar fi instruit in mod oficial pentru locuri de muncă. După Trent, Biserica a organizat și finanțat seminarii, colegii al căror scop expres a fost formarea de noi preoți. Acolo, toți preoții aveau să dobândească o educație scolastică puternică (și, în curând, majoritatea seminariilor includeau și o educație umanistă), fluență în latină și o înțelegere profundă a Bibliei și a scrierilor marilor gânditori creștini., Natura ad-hoc a învățământului superior pentru preoți a dat loc unei cerințe formale și universale: toți preoții ar fi bine educați, nu doar cei care au căutat o universitate ei înșiși. În timp ce abuzurile de putere și laxitatea morală nu au fost eliminate din Biserică, singura schimbare definitivă în bine în ceea ce privește experiența catolicilor laici a fost că preoții lor trebuiau acum să fie experți în teologia creștină.