Hunley a fost desfășurată cu scopul de a viza nord vase, în special cele blocarea porturilor din sud., submersibilul avea un pol lung cu o încărcătură explozivă atașată la arc, aceasta fiind cunoscută în mod obișnuit ca o torpilă de pol sau o torpilă de botalon. În acest tip de submersibil, pentru a face atacul, submarinul a trebuit să se apropie de nava țintă, locul exploziv, muta departe și apoi detona să se scufunde nava inamică. Astfel de atacuri au fost foarte dificil de manevrat, iar submarinele nu aveau mai multă alimentare cu aer decât conținutul din compartimentul principal, ceea ce face dificilă efectuarea de manevre suplimentare.,la 18 februarie 1864, Hunley a scufundat USS Housatonic în Golful Charleston, astfel USS Housatonic a devenit prima navă care a fost scufundată de un atac submarin. Deși nu toate au fost sărbători pentru confederați, deoarece în aceeași luptă Hunley însuși a dispărut după ce a raportat pierderea USS Housatonic.,soarta submersibilului a fost un mister până când epava sa a fost găsită în 1995, la 300 de metri de locul scufundării Housatonicului și a plutit în 2000; în interior erau rămășițele echipajului său, printre care și constructorul său. În 2017, un studiu a spus că Hunley a avut suficient oxigen timp de 2 ore, atacul asupra USS Housatonic a avut succes, dar după ce echipajul a rămas suficient oxigen pentru a reveni la țărm .,un alt submersibil confederat a fost scufundat în călătoria sa inaugurală în Lacul Pontchartrain; a fost găsit pe uscat în anii 1870 și este expus în prezent la Muzeul de Stat din Louisiana. în general, submersibilele nu au avut un impact mare asupra rezultatului războiului, dar și-au anunțat importanța viitoare în războiul naval, crescând interesul pentru ele, iar Hunley a fost unul dintre acei pionieri.