cauzele genetice ale sindromului Beckwith-Wiedemann sunt complexe. Condiția rezultă de obicei din reglarea anormală a genelor într-o anumită regiune a cromozomului 11. Oamenii moștenesc în mod normal o copie a acestui cromozom de la fiecare părinte. Pentru majoritatea genelor de pe cromozomul 11, ambele copii ale genei sunt exprimate sau „activate” în celule. Pentru unele gene, însă, este exprimată doar copia moștenită de la tatăl unei persoane (copia moștenită patern)., Pentru alte gene, se exprimă numai copia moștenită de la mama unei persoane (copia moștenită matern). Aceste diferențe specifice părinților în expresia genelor sunt cauzate de un fenomen numit imprimare genomică. Anomaliile care implică gene de pe cromozomul 11 care suferă o amprentă genomică sunt responsabile pentru majoritatea cazurilor de sindrom Beckwith-Wiedemann.cel puțin jumătate din toate cazurile rezultă din modificări într-un proces numit metilare. Metilarea este o reacție chimică care atașează molecule mici numite grupări metil la anumite segmente ale ADN-ului., În genele care suferă o imprimare genomică, metilarea este o modalitate prin care părintele de origine al unei gene este marcat în timpul formării celulelor de ovule și spermatozoizi. Sindromul Beckwith-Wiedemann este adesea asociat cu modificări ale regiunilor ADN de pe cromozomul 11 numite centre de imprimare (ICs). ICs control metilarea de mai multe gene care sunt implicate în creșterea normală, inclusiv CDKN1C, H19, IGF2, și KCNQ1OT1 gene. Metilarea anormală perturbă reglarea acestor gene, ceea ce duce la supraaglomerare și la celelalte caracteristici caracteristice ale sindromului Beckwith-Wiedemann.,

Aproximativ douăzeci la sută din cazurile de Beckwith-Wiedemann sindromul sunt cauzate de o modificare genetică cunoscut sub numele patern uniparental disomy (UPD). UPD paternă determină oamenii să aibă două copii active ale genelor moștenite paternal, mai degrabă decât o copie activă de la tată și o copie inactivă de la mamă. Persoanele cu UPD paternă lipsesc, de asemenea, gene care sunt active numai pe copia moștenită matern a cromozomului. În sindromul Beckwith-Wiedemann, UPD paternă apare de obicei la începutul dezvoltării embrionare și afectează doar o parte din celulele corpului., Acest fenomen se numește mozaicism. Mozaicul paternal upd duce la un dezechilibru al genelor paterne și materne active pe cromozomul 11, care stă la baza semnelor și simptomelor tulburării.mai puțin frecvent, mutațiile genei CDKN1C provoacă sindromul Beckwith-Wiedemann. Această genă oferă instrucțiuni pentru a face o proteină care ajută la controlul creșterii înainte de naștere. Mutațiile genei CDKN1C împiedică această proteină să restrângă creșterea, ceea ce duce la anomaliile caracteristice sindromului Beckwith-Wiedemann.,

Aproximativ 1% din toate persoanele cu Beckwith-Wiedemann sindromul avea o anomalie cromozomiala, cum ar fi o rearanjare (translocație), anormale copierea (duplicarea), sau cu pierderea (ștergerea) de material genetic de la cromozomul 11. Ca și celelalte modificări genetice responsabile de sindromul Beckwith-Wiedemann, aceste anomalii perturbă reglarea normală a anumitor gene pe acest cromozom.