Les protéines du CMH DE CLASSE I forment un récepteur fonctionnel sur la plupart des cellules nucléées du corps.

Il y a 3 gènes majeurs et 3 mineurs du CMH DE CLASSE I dans HLA.

CMH majeur classe I

• HLA-A
• HLA-B
• HLA-C

Les gènes mineurs sont HLA-E, HLA-F et HLA-G. La β2-microglobuline se lie avec des sous-unités de gènes majeurs et mineurs pour produire un hétérodimère

il existe 3 protéines majeures et 2 mineures du CMH DE CLASSE II codées par le HLA.Les gènes de la classe II se combinent pour former des récepteurs protéiques hétérodimériques (αβ) qui sont généralement exprimés à la surface des cellules présentant l’antigène.

Les principales protéines du CMH DE CLASSE II ne sont présentes que sur les cellules présentant l’antigène, les cellules B et les cellules T., HLA-DP

• α-chaîne codée par HLA-DPA1 locus
• β-chaîne codée par HLA-DPB1 locus

les autres protéines MHC de classe II, DM et Do, sont utilisées dans le traitement interne des antigènes, chargeant les peptides antigéniques générés par les agents pathogènes sur les molécules HLA de la cellule présentant l’antigène.,

Nomenclaturedit

les allèles Hla modernes sont généralement notés avec une variété de niveaux de détail. La plupart des désignations commencent par HLA – et le nom du locus, puis * et un nombre (pair) de chiffres spécifiant l’allèle. Les deux premiers chiffres spécifient un groupe d’allèles, également appelés supertypes. Les méthodes de typage plus anciennes ne pouvaient souvent pas distinguer complètement les allèles et s’arrêtaient donc à ce niveau. Les troisième à quatrième chiffres spécifient un allèle Non synonymique. Les chiffres cinq à six désignent toutes les mutations synonymes dans le cadre de codage du gène., Les septième et huitième chiffres distinguent les mutations en dehors de la région codante. Des lettres telles que L, N, Q ou S peuvent suivre la désignation d’un allèle pour spécifier un niveau d’expression ou d’autres données non génomiques connues à ce sujet. Ainsi, un allèle complètement décrit peut avoir jusqu’à 9 chiffres, sans compter le préfixe HLA et la notation locus.

VariabilityEdit

Les loci MHC sont parmi les loci codants les plus variables génétiquement chez les mammifères, et les loci HLA humains ne font pas exception. Malgré le fait que la population humaine a subi une constriction plusieurs fois au cours de son histoire qui a été capable de fixer de nombreux loci, les loci HLA semblent avoir survécu à une telle constriction avec beaucoup de variation. Sur les 9 locus mentionnés ci-dessus, la plupart ont conservé une douzaine ou plus de groupes d’allèles pour chaque locus, variation beaucoup plus préservée que la grande majorité des locus humains., Ceci est compatible avec un coefficient de sélection hétérozygote ou d’équilibrage pour ces loci. De plus, certains loci HLA sont parmi les régions codantes qui évoluent le plus rapidement dans le génome humain. Un mécanisme de diversification a été noté dans l’étude des tribus amazoniennes D’Amérique du Sud qui semblent avoir subi une conversion génétique intense entre variablealleles et loci au sein de chaque classe de gènes HLA. Moins fréquemment, on a observé des recombinaisons productives à plus longue portée par des gènes HLA produisant des gènes chimériques.

Six loci ont plus de 100 allèles qui ont été détectés dans la population humaine., Parmi ceux-ci, les plus variables sont HLA B et HLA DRB1. En 2012, le nombre d’allèles qui ont été déterminés sont répertoriés dans le tableau ci-dessous. Pour interpréter ce tableau, il est nécessaire de considérer qu’un allèle est une variante de la séquence nucléotidique (ADN) au niveau d’un locus, de telle sorte que chaque allèle diffère de tous les autres allèles dans au moins une position (polymorphisme nucléotidique unique, SNP). La plupart de ces changements entraînent une modification des séquences d’acides aminés qui entraînent des différences fonctionnelles légères à majeures dans la protéine.

Il y a des problèmes qui limitent cette variation., Certains allèles comme DQA1 * 05:01 et DQA1*05: 05 codent des protéines avec des produits transformés de manière identique. D’autres allèles comme DQB1*0201 et DQB1*0202 produisent des protéines fonctionnellement similaires. Pour la classe II (DR, DP et DQ), les variantes d’acides aminés dans la fente de liaison peptidique du récepteur ont tendance à produire des molécules avec une capacité de liaison différente.,

cependant, les fréquences génétiques des allèles les plus communs (> 5%) de HLA-A, -B, -C et HLA-DPA1, -DPB1, -DQA1, -DQB1 et-DRB1 d’Amérique du Sud ont été rapportées à partir du typage et du séquençage effectués dans les études de diversité génétique et les cas et contrôles. En outre, des informations sur les fréquences des allèles des gènes HLA-I et HLA-II pour la population européenne ont été compilées. Dans les deux cas, la distribution des fréquences des allèles révèle une variation régionale liée à l’histoire des populations.,inor Antigens

Number of variant alleles at class II loci (DM, DO, DP, DQ, and DR):

Sequence feature variant type (SFVT)Edit

The large extent of variability in HLA genes poses significant challenges in investigating the role of HLA genetic variations in diseases., Les études d’association de la maladie traitent généralement chaque allèle HLA comme une seule unité complète, qui n’éclaire pas les parties de la molécule associées à la maladie. Karp D. R. et coll. décrit une nouvelle approche de type variant de caractéristique de séquence (SFVT) pour l’analyse génétique HLA qui catégorise les protéines HLA en caractéristiques de séquence plus petites (SFs) biologiquement pertinentes et leurs types variant (VTs). Les caractéristiques de séquence sont des combinaisons de sites d’acides aminés définis sur la base d’informations structurelles (p. ex., bêta-feuille 1), d’informations fonctionnelles (p. ex., liaison peptidique à l’antigène) et de polymorphisme., Ces caractéristiques de séquence peuvent se chevaucher et être continues ou discontinues dans la séquence linéaire. Les types de variantes pour chaque caractéristique de séquence sont définis en fonction de tous les polymorphismes connus dans le locus HLA décrit. La catégorisation SFVT de HLA est appliquée dans l’analyse d’association génétique afin que les effets et les rôles des épitopes partagés par plusieurs allèles HLA puissent être identifiés. Les caractéristiques de séquence et leurs types de variantes ont été décrits pour toutes les protéines HLA classiques; le référentiel international des Sfvt HLA sera maintenu à la base de données IMGT/HLA., Un outil pour convertir les allèles HLA en leurs composants Sfvt peut être trouvé sur le site Web ImmPort (Immunology Database and Analysis Portal).

allèles communs, bien documentés et raresmodifier

bien que le nombre d’allèles HLA individuels qui ont été identifiés soit important, environ 40% de ces allèles semblent être uniques, n’ayant été identifiés que chez des individus isolés. Environ un tiers des allèles ont été rapportés plus de trois fois chez des individus non apparentés., En raison de cette variation de la vitesse à laquelle des allèles HLA individuels sont détectés, des tentatives ont été faites pour catégoriser les allèles à chaque locus HLA exprimé en termes de prévalence. Le résultat est un catalogue d’allèles HLA communs et bien documentés (CWD), et un catalogue d’allèles HLA rares et très rares.

les allèles Hla communs sont définis comme ayant été observés avec une fréquence d’au moins 0,001 dans des populations de référence d’au moins 1500 individus., Les allèles HLA bien documentés étaient initialement définis comme ayant été signalés au moins trois fois chez des individus non apparentés, et sont maintenant définis comme ayant été détectés au moins cinq fois chez des individus non apparentés par l’application d’une méthode de typage basé sur la séquence (SBT), ou au moins trois fois par une méthode SBT et dans un haplotype spécifique chez des individus non apparentés. Les allèles rares sont définis comme ceux qui ont été rapportés une à quatre fois, et les allèles très rares comme ceux rapportés une seule fois.,

tableau des allèles HLA dans chaque catégorie de prévalencemodifier

bien que les désignations actuelles de la MDC et des désignations rares ou très rares aient été élaborées à l’aide de différents ensembles de données et de différentes versions de la base de données IMGT / HLA, la fraction approximative des allèles à chaque locus HLA dans chaque catégorie est présentée ci-dessous.

examen des types HLAMODIFIER

noms de sérotype et d’allèlemodifier

Il existe deux systèmes de nomenclature parallèles qui sont appliqués à HLA. Le premier système, et le plus ancien, est basé sur la reconnaissance sérologique (basée sur les anticorps)., Dans ce système, les antigènes ont finalement reçu des lettres et des chiffres (par exemple, HLA-B27 ou, raccourci, B27). Un système parallèle qui a permis une définition plus fine des allèles a été développé. Dans ce système, un » HLA  » est utilisé conjointement avec une lettre, *, et un nombre à quatre chiffres ou plus (par exemple, HLA-B*08:01, A*68:01, A*24:02:01n N=Null) pour désigner un allèle spécifique à un locus HLA donné. Les locus HLA peuvent également être classés dans les classes I et II du CMH (ou, plus rarement, dans les locus D). Tous les deux ans, une nomenclature est proposée pour aider les chercheurs à interpréter les sérotypes en allèles.,

Sérotypemodifier

afin de créer un réactif de typage, on prélèverait du sang d’animaux ou d’humains, on laisserait les cellules sanguines se séparer du sérum et on diluerait le sérum à sa sensibilité optimale et on l’utiliserait pour dactylographier des cellules d’autres individus ou Animaux. Ainsi, le sérotypage est devenu un moyen d’identifier grossièrement les récepteurs HLA et les isoformes des récepteurs. Au fil des ans, les anticorps de sérotypage sont devenus plus raffinés à mesure que les techniques d’augmentation de la sensibilité s’amélioraient et que de nouveaux anticorps de sérotypage continuaient d’apparaître., L’un des objectifs de sérotype analyse est de combler les lacunes dans l’analyse. Il est possible de prédire sur la base de la « racine carrée », de la méthode du « maximum de vraisemblance » ou de l’analyse des haplotypes familiaux pour rendre compte des allèles correctement typés. Ces études utilisant des techniques de sérotypage ont fréquemment révélé, en particulier pour les populations non européennes ou D’Asie du nord-est, de nombreux sérotypes nuls ou Vierges. Cela était particulièrement problématique pour le locus Cw jusqu’à récemment, et près de la moitié des sérotypes Cw n’ont pas été typés dans l’enquête de 1991 sur la population humaine.

Il existe plusieurs types de sérotypes., Un large sérotype d’antigène est une mesure brute de l’identité des cellules. Par exemple, le sérotype HLA A9 reconnaît les cellules des individus porteurs de A23 et A24. Il peut également reconnaître les cellules que A23 et A24 manquent en raison de petites variations. A23 et A24 sont divisés antigènes, mais les anticorps spécifiques sont généralement utilisés plus souvent que les anticorps à large antigènes.

typage Cellulairedit

un test cellulaire représentatif est la culture lymphocytaire mixte (MLC) et utilisé pour déterminer les types HLA de classe II. Le test cellulaire est plus sensible à la détection des différences HLA que le sérotypage., En effet, des différences mineures non reconnues par alloantisera peuvent stimuler les cellules T. Ce typage est désigné comme DW types. DR1 sérotypé a cellulairement défini comme Dw1 ou Dw20 et ainsi de suite pour d’autres DRs sérotypés. le tableau montre les spécificités cellulaires associées pour les allèles de DR. Cependant, le typage cellulaire présente une incohérence dans la réaction entre les individus de type cellulaire, résultant parfois différemment des prévisions. Avec la difficulté de l’analyse cellulaire dans la génération et le maintien des réactifs de typage cellulaire, l’analyse cellulaire est remplacée par la méthode de typage basée sur L’ADN.,

séquençage Géniquemodifier

des réactions mineures dans des sous-régions présentant une similitude avec d’autres types peuvent être observées avec les produits géniques d’allèles d’un groupe sérotype. La séquence des antigènes détermine les réactivités des anticorps, et ainsi avoir une bonne capacité de séquençage (ou typage basé sur la séquence) évite le besoin de réactions sérologiques. Par conséquent, différentes réactions sérotypiques peuvent indiquer la nécessité de séquencer le HLA d’une personne pour déterminer une nouvelle séquence génétique.,

de larges types d’antigènes sont encore utiles, comme le typage de populations très diverses avec de nombreux allèles HLA non identifiés (Afrique, Arabie, Sud-Est de L’Iran et du Pakistan, Inde). L’Afrique, le sud de l’Iran et L’Arabie montrent la difficulté à taper des zones qui ont été réglées plus tôt. La diversité allélique rend nécessaire l’utilisation d’un typage large des antigènes suivi d’un séquençage génique, car il existe un risque accru de mauvaise identification par les techniques de sérotypage.

en fin de compte, un atelier, basé sur la séquence, décide quel nouvel allèle entre dans quel sérogroupe, soit par séquence, soit par réactivité., Une fois la séquence vérifiée, un numéro lui est attribué. Par exemple, un nouvel allèle de B44 peut obtenir un sérotype (c.-à-d. B44) et un ID d’allèle c.-À-D. B*44:65, car il s’agit du 65e allèle B44 découvert. Marsh et coll. (2005) peut être considéré comme un livre de codes pour les sérotypes et les génotypes HLA, et un nouveau livre semestriel avec des mises à jour mensuelles des antigènes tissulaires.

Phénotypemodifier

le typage génique est différent du séquençage génique et du sérotypage.Avec cette stratégie, des amorces PCR spécifiques à une région variant de L’ADN sont utilisées (appelées SSP-PCR)., Si un produit de la bonne taille est trouvé, l’hypothèse est que l’allèle HLA a été identifié. Les nouvelles séquences de gènes entraînent souvent une apparence croissante d’ambiguïté. Étant donné que le typage génétique est basé sur SSP-PCR, il est possible que de nouvelles variantes, en particulier dans les loci de classe I et DRB1, puissent être manquées.

par exemple, SSP-PCR dans la situation clinique est souvent utilisé pour identifier les phénotypes HLA., Un exemple d’un phénotype étendu pour une personne pourrait être:

A*01:01/*03:01, C*07:01/*07:02, B*07:02/*08:01, DRB1*03:01/*15:01,QQ1*05:01/*01:02, DQB1*02:01/*06:02

en général, cela est identique au sérotype étendu:A1,A3,B7,B8,DR3,DR15(2), DQ2,DQ6(1)

Pour de nombreuses populations, telles que les populations Japonaises ou européennes, de nombreux patients ont été typés que les nouveaux allèles sont relativement rares, et donc la SSP-PCR est plus, Les haplotypes peuvent être obtenus en tapant les membres de la famille dans les régions du monde où SSP-PCR est incapable de reconnaître les allèles et le typage nécessite le séquençage de nouveaux allèles. Les régions du monde où la PCR SSP ou le sérotypage peuvent être inadéquats comprennent L’Afrique centrale, L’Afrique de l’est, certaines parties de l’Afrique australe, L’Arabie, L’Iran du Sud, le Pakistan et L’Inde.

Haplotypesmodifier

un haplotype HLA est une série de « gènes » HLA (loci-allèles) par chromosome, l’un transmis par la mère et l’autre par le père.,otype illustré ci-dessus est l’un des plus communs en Irlande et est le résultat de deux haplotypes génétiques communs:

A*01:01 ; C*07:01 ; B*08:01 ; DRB1*03:01 ; DQA1*05:01 ; DQB1*02:01(par sérotypage A1-Cw7-B8-DR3-DQ2)

qui est appelé «  »super B8 «  »

A*03:01 ; C*07:02 ; B*07:02 ; DRB1*15:01 ; DQA1*01:02 ; DQB1*06:02(en SÉROTYPANT A3-CW7-B7-DR15-DQ6 ou L’Ancienne Version « A3-B7-DR2-DQ1 »)

ces haplotypes peuvent être utilisé pour tracer les migrations dans la population humaine, car ils sont souvent un peu comme une empreinte digitale d’un événement qui a eu lieu dans l’évolution., L’haplotype Super-B8 est enrichi dans L’Ouest Irlandais, décline le long des gradients loin de cette région, et ne se trouve que dans les régions du monde où les Européens de l’Ouest ont migré. Le « A3-B7-DR2-DQ1 » est plus largement répandu, de L’Asie orientale à L’Ibérie. L’haplotype Super-B8 est associé à un certain nombre de maladies auto-immunes associées à l’alimentation. Il existe 100 000 haplotypes étendus, mais seuls quelques-uns présentent un caractère visible et nodal dans la population humaine.