en 1807, le président Jefferson nomma Clark brigadier général de la milice dans le territoire de la Louisiane et agent des États-Unis pour les affaires indiennes. À l’époque, le commerce était un objectif majeur et les États-Unis ont établi le système d’usine. Le gouvernement et ses personnes nommées ont autorisé les commerçants à établir des postes de traite en territoire Amérindien. Les relations avec les Amérindiens ont été traitées dans ce qui est devenu le Département de la guerre. Clark établit son quartier général à St.Louis, Missouri, où il vivra la majeure partie du reste de sa vie.,
là, il est devenu membre des francs-maçons, un groupe fraternel secret. Les registres de son initiation n’existent pas, mais le 18 septembre 1809, la Loge Saint Louis No 111 délivra un certificat de voyage pour Clark.
en récompense de leurs contributions au cours de leur expédition dans le Pacifique, Lewis et Clark ont reçu des postes gouvernementaux. Jefferson nomma Meriwether Lewis gouverneur territorial de la haute-Louisiane, commandant en chef de la milice et surintendant des Affaires indiennes., Bien qu’il fût chargé des Affaires indiennes, Clark était sous la supervision du gouverneur du territoire de la Louisiane. Le gouverneur avait le dernier mot sur toutes les décisions prises dans le territoire. Bien que Clark ait eu des fonctions principales dans les relations avec les Amérindiens, » le gouverneur territorial détenait le titre de surintendant d’Office des Affaires indiennes.
Les expériences de Clark au cours de son expédition à travers le continent lui ont donné les outils pour être le candidat idéal pour un diplomate auprès des Amérindiens., C’était les motifs de Jefferson derrière L’attribution de ces fonctions à Clark, bien que ce ne soit pas avant la présidence de Madison que le titre de Clark devint officiel. Le président James Madison nomma Clark gouverneur territorial du Missouri et, par conséquent, Surintendant d’Office des Affaires indiennes dans cette région, durant les étés de 1808 et de 1813. Dans la période précédente, Clark a exercé les mêmes fonctions qu’il aurait si il détenait le titre. Pendant les années où Clark a occupé un poste sous le Gouverneur Lewis, il a été continuellement impliqué dans la prise de décision avec lui. Clark a été consulté sur les affaires sur une base régulière., En Louisiane et dans le Missouri, Clark a servi le gouvernement des États-Unis pendant le plus long terme de l’histoire en tant que diplomate auprès des peuples amérindiens.
La diplomatie indienne a occupé une grande partie du temps de Clark; le soldat et bureaucrate dévoué n’a jamais vacillé dans son engagement envers un programme national expansionniste qui s’attendait à ce que les Indiens abandonnent leurs terres, abandonnent leurs méthodes traditionnelles et acquiescent aux diktats du gouvernement américain. Mais il était conscient des conséquences et il manifestait une réelle préoccupation pour le sort des Autochtones démunis de plus en plus menacés d’extinction., Les expéditions de Clark et l’établissement de la frontière lui ont donné des vues et des sentiments uniques envers les Amérindiens. Il avait l’impression de tenir une main ferme quand il le fallait, mais en même temps il avait de la passion pour eux en tant que personnes méritant encore des droits. On disait parfois qu’il était trop compatissant. Clark considérait que sa position était d’une extrême importance non seulement pour le gouvernement des États-Unis, mais aussi pour le peuple amérindien.
Clark reconnut le nationalisme des Indiens, leur histoire, leur langue, leur culture et leur territoire et négocia des traités entre les différentes nations et le sien., Il a essayé de protéger les Indiens et de préserver leur culture en les soustrayant aux influences de la société blanche, en fournissant des inoculations vitales, en faisant peindre leurs portraits et en assemblant un musée d’artefacts Indiens. En même temps, il a retiré les Indiens de leurs terres ancestrales; encouragé les programmes fédéraux de « civilisation » et d ‘ « éducation » pour changer les modes de vie, les croyances religieuses et les pratiques culturelles autochtones; et généralement promu les intérêts des citoyens américains sur les besoins et les désirs Indiens.,
pendant la guerre de 1812, Clark mène plusieurs campagnes, dont en 1814, l’une le long du fleuve Mississippi, jusqu’à La Prairie du Chien. Il a établi L’éphémère Fort Shelby, le premier poste dans ce qui est maintenant le Wisconsin. Bientôt, le poste a été capturé par les Britanniques. Lorsque le territoire du Missouri a été formé en 1813, Clark a été nommé gouverneur par le Président Madison. Madison le nomma de nouveau à ce poste en 1816 et en 1820 par le Président Monroe.
William Clark a comparu devant le juge de la Cour suprême John B. C. Lucas à St., Louis le 6 juillet 1813, pour prêter serment en tant que gouverneur du territoire du Missouri. La route de Clark vers une nomination au poste de gouverneur fut longue et complexe. Lors de la nomination de Lewis par Jefferson, Clark l’a soutenu et a parfois rempli le rôle de gouverneur sans occuper de poste officiel, en raison des complications de Lewis dans la vie, que ce soit la dette, la solitude ou l’alcool. À la mort de Lewis en 1809, Clark refusa de prendre ses fonctions pour diverses raisons.
Au moment où il a été nommé gouverneur, Clark a apprécié ses propres capacités et les a embrassées plutôt que de les refuser., quand il a pris ses fonctions, L’Amérique était impliquée dans la guerre de 1812 avec les Britanniques. Clark craignait l’influence des Britanniques sur les Amérindiens. Les tactiques Britanniques comprendraient l’utilisation d’Indiens comme alliés dans la lutte contre les États-Unis. En échange de la victoire britannique, les Indiens pourraient continuer à occuper leurs terres actuelles ou recevoir des terres qui leur ont été prises précédemment par le gouvernement des États-Unis. Clark a occupé le poste pendant les sept années suivantes jusqu’à ce qu’il soit démis de ses fonctions en 1820, lors de la première élection après que le Missouri soit devenu un État., Il a été battu par Alexander McNair.
en 1822, Clark est nommé surintendant des Affaires indiennes par le président James Monroe, un nouveau poste créé par le Congrès après l’abolition du système des usines. Clark occupa ce poste jusqu’à sa mort; son titre changea avec la création du Bureau des Affaires indiennes en 1824 et enfin du Bureau des Affaires indiennes en 1829, tous deux au sein du Ministère de la guerre. De 1824 à 1825, il est également nommé arpenteur général de L’Illinois, du Missouri et du territoire D’Arkansaw., C’est à cette époque que Clark a reçu une pipe ou un calumet rare en cadeau d’un chef Potowatomi du Missouri. La pipe est conservée dans la collection du British Museum.
en tant que Surintendant des Affaires indiennes, Clark était l’homme le plus important sur les questions amérindiennes à l’ouest du Mississippi. En tant que surintendant à St., Louis, Clark a assumé des tâches supplémentaires: il a délivré des licences et accordé des passeports aux commerçants et aux voyageurs; fourni des paiements pour les blessures et les injustices aux blancs et aux Indiens; invoqué la force militaire pour arrêter les contrevenants à la loi; empêché ou mis fin aux hostilités entre les tribus; expulsé les personnes non autorisées du pays indien ou confisqué leurs biens; établi, marqué et arpenté les frontières; distribué des rentes et veillé à ce que les dispositions des traités soient respectées; et dirigé des conseils de traités., Des quatre surintendants des Affaires indiennes, les autres étaient les gouverneurs des Territoires du Michigan, de la Floride et de l’Arkansas; Clark avait de loin la plus grande Surintendance.
bien que Clark tente de maintenir des relations pacifiques avec les nations autochtones et négocie des traités de paix, il participe à la Politique de renvoi des Indiens du président Andrew Jackson. Cela comprenait « son devoir de superviser le renvoi ». Il a réussi des représailles contre Black Hawk et ceux qui lui étaient alliés dans la guerre de Black Hawk, lorsque des hostilités ont éclaté entre eux et les Américains., Clark a émis « un ordre d’extermination », qu’il a donné à Lewis Cass, un homme qui a joué un rôle central dans la Politique de renvoi de Jackson.
Clark croyait en L’idéologie Jeffersonienne selon laquelle l’assimilation serait le meilleur plan d’action pour les Amérindiens. Cependant, en fin de compte, la réinstallation des Indiens de leurs terres natales est devenue le principal objectif du gouvernement. La position gouvernementale de Clark sur les affaires amérindiennes le maintient à l’avant-garde d’innombrables déménagements., Il a exprimé sa sympathie pour ces tribus déracinées et a promu leurs intérêts tels qu’il les comprenait, néanmoins, il a approuvé et mis en œuvre la Politique d’expulsion des Indiens, négociant 37, ou un dixième, de tous les traités ratifiés entre les Indiens D’Amérique et les États-Unis. Au cours de sa carrière, des millions d’acres sont passés de la propriété Indienne aux États-Unis par la main de Clark.